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发起人协议是指公司的发起人之间以设立公司为目的而签署的协议。实践中存在着合作协议、投资协议、出资协议、公司设立协议、投资框架协议等各种名称，为论述方便，本文统称为发起人协议。

理想状态下，发起人协议与公司章程约定不同事项，或发起人协议约定事项被公司章程完全吸收承继，如此两者便相安无事。然而，实务中发起人协议与公司章程冲突的案例却屡见不鲜。究其原因，一是要求发起人协议只约定公司设立阶段的职责分工等事项而不涉及公司成立后的股东出资、董监高产生及履职等公司运行事项，不具备现实可能性；二来公司章程通常不是一成不变的，而会随着公司的经营发展不断更新，即使初始章程还能与发起人协议保持一致，在经过多轮融资后就可能出现公司章程中的某些事项与发起人协议相去甚远的情况。

在解决发起人协议与公司章程冲突问题之前，我们可以对比同样是根据股东意思表示形成的两份法律文件，具体有何区别 [1]：

公司章程作为调整公司运行的基本规范，是可被法院裁判援引的法源之一，甚至在很多场合有优先于法定规则适用的效力。发起人协议则是全体发起人（股东）一致签署同意的法律文件，对全体发起人均具有法律约束力。当两者发生冲突时，如何处理两者的效力位阶问题，目前尚无明确的法律规定。通过梳理司法实践中的典型案例，我们发现法院在裁判发起人协议与公司章程冲突的问题时，主要有以下3种裁判路径：

在(2022)京02民终10329号案件中，北方公司的大小股东发生矛盾，小股东起诉要求撤销董事会任免管理层的决定，依据是发起人协议中约定公司管理层任免应经股东会决议。法院审理后认为发起人协议是股东在公司成立之前的协商结果，在公司按照《公司法》的规定注册成立后，股东确认了《章程》的内容，并在工商登记机关进行了登记备案，据此该公司的运行应按照《章程》的规定来进行。

在(2020)京04民初642号案件中，法院更是直接明确：“对公司而言，章程是公司的宪法性文件，在公司内部具有最高效力，公司、股东以及公司高级管理人员均受公司章程的约束。合资公司董事会依法属于公司最高权力机关，董事长肩负组织召开董事会会议等职责，董事会如何组成以及董事长如何产生均属于公司内部治理事项，虽然与股东对公司的影响力有关，但并不直接涉及股东相互之间的权利义务，故合资合同相关约定对于合资公司董事长产生程序不具有直接约束力。据此，本院认定本案中关于太运大厦公司董事长的产生程序应当以章程为依据审查判断。”

在(2020)京03民终119号案件中，发起人协议约定小股东以技术出资占股40%，公司章程则规定小股东以货币出资400万，后公司根据章程规定起诉要求小股东实际出资。法院审理后认为，基于发起人协议中明确约定“公司章程的内容与协议内容不一致的，以该协议为准”，虽然发起人协议签订的时间早于公司章程形成的时间，但该公司自始只有一份章程文件，且法院认为该冲突名义上是公司与股东间的纠纷，实质上是股东内部的纠纷。因此，法院认定应以发起人协议为判断依据，判决小股东不用以货币形式出资。

(2020)苏0116民初1535号、(2018)京0105民初80447号等案件中，法院均持同样的观点，基于有明确约定协议效力优先的情形，认定股东争议的出资期限问题应以发起人协议为准，而非公司章程。

在(2020)浙0122民初299号案件中，成立在先的发起人协议约定某股东以转让专利权方式出资，而成立在后的公司章程则规定该股东以货币方式出资。法院审理后，直接以“协议与章程约定不一致的，以时间在后的章程为准”为由，依据公司章程认定该股东的出资方式。

通过以上3种典型裁判路径的分析，可以看到法院在审理发起人协议与公司章程冲突的案件中，呈现了如下的裁判倾向：

对于公司治理事项，如董监高产生及职责、三会的召开等，法院倾向于认定以章程为准；而对于股东内部争议，尤其是出资方式、出资期限等出资问题，法院则倾向于认定以发起人协议为准。

如果发起人协议明确约定协议与章程的效力位阶，即使发起人协议成立的时间在章程之前，法院也倾向于尊重发起人协议的约定，尤其是对于出资方式期限等股东内部争议事项。

章程与发起人协议签署日期的先后，会被大部分法院作为一个重要事实来考察。在部分案件中，法院仅以此就认定签署在后的章程视为当事人间达成新的意思表示合意，从而优先适用。